Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) atau Act of Free Choice dilaksanakan di Irian Barat dimulai dari Kab. Merauke pada tanggal 14 Juli, Kab. Jayawijaya, Kab. Paniai, Kab. Fakfak, Kab. Sorong, Kab. Manokwari dan berakhir di Kab. Jayapura pada tanggal 2 Agustus 1969. Pelaksanaan PEPERA dihadiri oleh utusan PBB Dr. Fernando Ortiz-Sanz (Duta Besar dari Bolivia untuk PBB) untuk menyelenggarakan tugas yang berkaitan dengan pelaksanaan PEPERA tahun 1969.
Hasil akhir dari PEPERA melalui Dewan Musyawarah PEPERA (DMP) yang berjumlah 1025 orang secara aklamasi menyatakan untuk bergabung dengan Indonesia. Namun hasil pelaksanaan Pepera tidak diterima oleh warga Papua pada saat itu hingga kini, karena pelaksanaan Pepera dilakukan secara tidak adil. Pemerintah Indonesia sengaja membentuk Dewan Musyawarah Pepera sebagai utusan/perwakilan dari orang Papua yang hanya berjumlah 1025 orang dari total penduduk Papua yang pada waktu Itu hampir berjumlah 815.906 jiwa. Indonesia sebagai pihak yang memiliki wewenang untuk melaksanakan referendum, dilaporkan telah menggunakan kekuatan militer untuk melakukan tekanan terhadap berbagai aksi politik di Papua sebelum dan pada saat Pepera dilangsungkan. Militer Indonesia melakukan penangkapan, pemenjaraan, pengancaman, dan pengasingan terhadap para pimpinan politik Papua dan secara jelas cacat hukum dalam menafsirkan perjanjian New York tahun 1962 (One Man, One Vote).
