Pada tahun 1963-2004, Pemerintah Indonesia sudah melakukan Operasi Militer di Papua sebanyak 15 kali yang telah menyebabkan ribuan korban masyarakat sipil. Operasi-operasi tersebut antara lain: Operasi Wisnumurti I dan II (Mei 1963 hingga April 1964); Operasi Wisnumurti III dan IV, Operasi Giat, Operasi Tangkas dan Operasi Sadar (1964 hingga 1966); Operasi Baratayudha (Maret 1966); Operasi Sadar, Baratayudha dan Operasi Wibawa (25 Juni 1968); Operasi Pamungkas (1970 – 1974) ; Operasi Kikis, Operasi ini dilakukan (1977 hingga 1978); Operasi Sapu Bersih, Operasi ini dilakukan (1978 – 1982); Operasi Sate (1984); Operasi Galak I, (1985-1986) ; Operasi Galak II, (1986 – 1987); Operasi Kasuaru I dan II, (1987-1989); Operasi Rajawali I dan II (1989-1991); Operasi pengamnan daerah rawan (1998 – 1999); Operasi Pengendalian pengibaran bendera Bintang Kejora (1999-2002) ; Operasi Penyisiran di Wamena, (2002 – 2004)
