Sesuai dengan usulan Bunker, maka di markas besar PBB New York berhasil ditandatangani sebuah perjanjian antara pemerintah Indonesia dan pemerintah Belanda yang dikenal dengan “Perjanjian New York (New York Agreement)” yang langsung disaksikan oleh Sekretaris Jenderal PBB U Thant. Isi perjanjian ini menyatakan bahwa: Belanda akan menyerahkan kekuasaannya atas Irian Barat kepada Badan Pemerintahan (Peralihan) Sementara PBB yakni United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA); dan kemudian UNTEA akan menyerahkan kekuasaan atas Irian Barat kepada Indonesia; kemudian sebelum akhir tahun 1969 dengan berada dibawah pengawasan PBB, Indonesia akan melaksanakan suatu Act of Free Choice (PEPERA) penentuan nasib sendiri bagi orang Papua/Irian apakah mereka ingin bergabung dengan Indonesia atau berdiri sendiri sebagai sebuah Negara merdeka.
